בתחילת דצמבר 1895 החלו המכונאי וצלאב לורין ומוכר הספרים וצלאב קלמנט, שניהם חובבי אופניים, לייצר אופניים פרי תכנונם, תחת השם "סלאביה", שם שהתאים לאווירה הלאומנית ששררה בסוף המאה ה-19. מספר שנים מאוחר יותר, בשנת 1899, החלה חברת לורין וקלמנט לייצר אופנועים, שזכו במהרה להצלחה וגם זכו בכמה מרוצי אופנועים. לאחר מספר ניסיונות בתחילת המאה, הוחלף ייצור האופנועים בהדרגה בייצור מכוניות משנת 1905 ואילך.

כמו האופנועים, גם המכונית הראשונה של לורין וקלמנט, Voiturette A, הפכה להצלחה מהרגע הראשון, והפכה מאוחר יותר לסמל של המכונית הצ'כית הקלאסית. החברה התבססה במהירות בשוק המכוניות הבינלאומי שהחל להתפתח באותם ימים, והתחילה לפעול בקנה מידה גדול יותר. היקף הייצור גדל במהירות והפך להיות מעבר ליכולתה של חברה פרטית, ובשנת 1907 כבר הפכה החברה ביוזמת מייסדיה לחברה ציבורית. האופי הבינלאומי של החברה החל לקבל חשיבות גדולה יותר ויותר. מפעלי הייצור של התרחבו, ובתקופת מלחמת העולם הראשונה נטלה החברה חלק בייצור המלחמתי עבור צבא צ'כיה.

לאור ההתפתחות הכלכלית של צ'כיה החליטו בעלי החברה שיש צורך לחבור לשותף תעשייתי חזק כדי לחזק את החברה ולחדש אותה. בשלב זה כבר ייצרה החברה מגוון רחב של מכוניות נוסעים, משאיות, אוטובוסים, מנועי מטוסים ומכונות חקלאיות. בשנת 1925 התאחדה החברה עם חברת סקודה פילזן, איחוד שסימן את קץ דרכו של המותג לורין וקלמנט. בתחילת שנות השלושים הפכה סקודה שוב לחברה עצמאית במסגרת קבוצת סקודה; לאחר המשבר, השיגה החברה פריצת דרך הודות להצלחה של הדגם המהפכני, סקודה פופולר.

הכיבוש הנאצי בשנים 1939 עד 1945 גרם לשיבושים משמעותיים בייצור של החברה. המפעל גויס למאמץ המלחמתי של האימפריה הגרמנית. ייצור רכב לשוק האזרחי הופסק כמעט לחלוטין, והייצור הועמד לרשות האימפריה הגרמנית.

מיד לאחר מלחמת העולם השנייה עברה צ'כיה גל גדול של הלאמת רכוש, שבמסגרתו הפכה החברה בשנת 1946 לחברה ממשלתית בשם AZNP. עקב השינויים הפוליטיים והכלכליים של אותה תקופה, קיבלה החברה את המונופול לייצור מכוניות נוסעים.

הכלכלה בצ'כוסלובקיה הצליחה לשמור על רמה גבוהה למדי בתקופה הסוציאליסטית שלאחר מלחמת העולם השנייה, בעקבות שימוש בתהליכי ייצור מסורתיים ובהסתמך על הצלחות העבר, זאת למרות השינויים שנגרמו בעקבות מעבר לכלכלה מתוכננת והמאמצים לגדול בקצב מהיר יתר על המידה. רק לקראת סוף שנות הששים, בעקבות הפיתוח של טכנולוגיות חדשות במערב, החלה רמה זו להיות לא מספקת. הנסיגה המתמשכת בכלכלה הצ'כית, שהתחילה אחרי שנות השבעים, והשפיעה גם על יצרנית הרכב מהעיר מלאדה בולסלאב, למרות מעמדה המוביל בשוק הרכב המזרח-אירופי. היקף הייצור החל לגדול שוב רק לאחר השקת הדגם המודרני הראשון, סקודה פאבוריט, בשנת 1987.

בעקבות השינויים הפוליטיים של שנת 1989 והשינויים באקלים הכלכלי, החלו ממשלת צ'כוסלובקיה והנהלת סקודה לחפש שותף חיצוני חזק, שהניסיון שלו והסכומים שהוא ישקיע במפעל יבטיחו לחברה יכולת להתחרות בשוק הבינלאומי בטווח הארוך. בדצמבר 1990 החליטה הממשלה על שיתוף פעולה עם קבוצת פולקסווגן הגרמנית. המיזם המשותף של סקודה ופולקסווגן החל לפעול ב-16 באפריל 1991 תחת השם Škoda automobilová a.s, וסקודה הפכה להיות המותג הרביעי של קבוצת פולקסווגן, יחד עם פולקסווגן, אודי וסיאט.